Mais justement je les ai suivis vos conseils.
Hier j'ai refait les partitions pour que tout soit en Mac OS étendu journalisé + option GUID.
D'ailleurs après ça, lors du clonage, CCC n'a émis aucun avertissement.
Et ensuite, dans le menu "Préférences Système > Démarrage", mon clone apparaissait...