Ca pourrait être un problème de fragmentation. Celle-ci existe toujours sous OSX, et comme le système exploite en permanence la mémoire virtuelle, les performances s'en ressentiraient. Comme avec une "clean install" le disque est tout propre, les choses vont mieux.
C'est vrai que les fichiers "swap" sont mis un peu au hasard sur le disque, et s'ils sont mis correctement en place lors de l'installation "clean", les performances sont meilleures.
Mais il y a peut-être d'autres raisons