J'ai fait déjà l'essai pour un dossier relativement confidentiel :
On crée une icône vide et on ne met pas de nom, ce qui fait que le fichier n'est pas visible dans le dossier. Placer ce fichier dans un dossier sans grand intérêt où personne n'ira le chercher. Pour le retrouver à coup sûr, se mettre en mode "colonnes".
Si on place cette non-icône dans le dock, elle se traduit par une petite barre blanche. L'endroit qui éveille le moins de soupçons est juste au dessus de la corbeille. Ça fait comme une séparation logique. Lorsque le curseur est sur cette barre rien n'apparaît, mais si on clique, le dossier s'ouvre.
Ce n'est pas une méthode d'une grande sécurité, mais ça fait l'affaire pour un usage courant si ton ordi n'est pas trop tripatouillé par des tiers.