Comme ça, au feeling, je dirais que la seule manière de cloner une partition Ouinedoze (NTFS) est de rester à un niveau très rudimentaire de copie : le bloc de données. Autrement dit : la partition destination doit avoir exactement la même taille que l'originale et on fait un clone avec l'Utilitaire de disque. Ou alors avec les utilitaires UN*X habituels (genre dump/restore ou dd).
Pour le reste, à savoir comment réagit la doublette infernale Mac OS X/Bootcamp à la chose est une autre histoire. Au moins a-t-on une sauvegarde en bonne et due forme, que Mac OS X pourra considérer normalement (une partition en lecture seule).