J'ai 7 adresses mail gérées par Mail : 4 Google, une Yahoo et deux Orange.
Chacune paramétrée en IMAP.
Chacune d'entre elles apparait sur la barre de gauche dans Mail et pour chacune d'entre elles j'ai : Indésirable / boite de réception / brouillons / Envoyés / Corbeille / Archive + mes rangements perso :
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Sur la barre du haut j'ai un item "Toutes les boites" dans lequel je retrouve tous les mails qui sont dans mes boites de réception.
Je ne visualise rien en double et quand je lis un mail non lu, le "non lu" disparaît de "Toutes les boites" et de la boite de réception de l'adresse mail concernée.
Mais je ne suis pas sûr de bien répondre à ta question !