1. Via iCloud, tu ne peux ouvrir un document que par une version de l'application qui l'a créé.
Si tes pdf ont été créés par iWorks, tu dois pourvoir les ouvrir avec une version mobile d'iWorks, s'ils ont été créés par pdfPen, tu peux les ouvrir avec la version mobile de cette app (et uniquement). S'il n'existe pas de version mobile de l'application avec laquelle tu as créé ton document, quelqu'en soit le format, il n'est pas partageable sur iDevice via iCloud.
2. iBooks ne synchronise entre les machines (ordinateurs, iDevices) QUE les iBooks ACHETÉS sur le store.
Cette application ne constitue à l'évidence pas une solution pour le partage et la synchronisation des pdf entre ses appareils. Il y en a beaucoup d'autres, en particulier toutes celles qui existaient avant l'apparition d'iBooks pour OS X...