Bah déjà évite de supprimer les dossiers requis par le système, à savoir Applications, Bibliothèque, Système et Utilisateurs, ainsi que "Dossier Système" et "Developer" s'ils sont présents. À priori tous ces dossier tiennent sans problème sur ton disque interne. La seule chose qui pourrait le saturer ce sont les jeux (les gros, pas le jeu d'échec ou le solitaire) que tu peux déplacer sans risque sur ton disque externe et surtout tout ce que tu mets dans ton dossier Utilisateur : ta musique, tes vidéos, tes photos...
Ce sont plutôt ces dossiers là que je te conseillerai de déplacer (mais pas le dossier Bibliothèque de ton dossier Départ). Par exemple tu copie ton dossier Musique sur le disque externe puis tu supprime l'original (dans ton dossier Départ) de l'interne et tu mets dans ton dossier Départ un alias du dossier Musique sur le disque externe afin de ne pas perturber les applications telles qu'iTunes. Par contre dans ce cas si tu lance iTunes avec ton disque externe débranché ça va être le bazar. Si tu fais la manip avec le dossier Séquences ça ne devrait poser aucun problème.
Tu peux aussi, mais dans ce cas il faut que tu sois certain que ton disque externe sera branché en permanence lorsque ton ordi sera allumé, délocaliser les utilisateurs dessus (la manip est expliquée dans la FAQ du forum Mac OS X).