Bonjour,
J'ai le même problème, rencontré avec deux MBP différents (un MBP 15 mid-2009 et un rMBP 13 late-2013) branchés sur un écran externe Asus via un adaptateur mini-Display Port vers HDMI.
Le dock change d'écran sans raison apparente (souvent après le déplacement d'une fenêtre, mais ça ne semble pas automatique).
C'est pénible. Pour l'instant, je fais comme jeromewa : un tour dans les préférences.