Cela dit il doit y avoir une raison initiale : la variable PATH est définie au démarrage de bash en fonction de certains fichiers de configuration, généraux (tels /etc/profile et /etc/bashrc) ou locaux (tels ~/.bashrc, ~/.profile, ~/.bash_profile, ~/.bash_login). Plus /etc/paths et les fichiers de /etc/paths.d.
Il faudrait donc trouver lesquels parmi ces fichiers ont été altérés et réparer la couillonnade.