Pour les préférences, c'est peut-être tout simplement un problème de droits sur les fichiers correspondants.
Il faudrait donc déjà commencer par vérifier/réparer les autorisations, redémarrer pour être tranquille (qu'l n'y ait pas un contexte qui traîne en mémoire) et réessayer les modifications.
Si ça perdure c'est que les fichiers correspondants ne sont toujours pas corrigés et il faudra le faire à la mimine (Finder ou Terminal).