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Je vais te dire comment faire en Cocoa/Objective-C car je ne connais pas Cocoa/Java mais je suppose que c'est pareil.
Le mieux est de créer une sous-classe de NSWindow, et de surcharger la méthode d'initialisation. (en java, il faut probablement surcharger le constructeur). Afin de définir à l'instantiation une valeur au "alphaValue" grâce à la méthode "setAlphaValue" qui prend un float (de 0.0 à 1.0) pour régler la transparence (1.0 = opaque si je me souviens bien)
Mon explication n'est pas très précise, si tu as des problèmes, essaie d'aller voir sur le site d'Apple, et regarde l'exemple Round Transparent Window, il montre comment créer en Cocoa/Obj-C une fenêtre transparente ayant une forme quelconque.