Non, ce bug arrive parfois et cela depuis que les applications tierces existent (donc aussi bien en 2.x que 3.x).
Pour le faire disparaitre, il faut:
1) Synchroniser son iPhone pour bien tout sauvegarder
2) Une fois la première synchro terminée, aller dans l'onglet "Application" de la section iPhone d'iTunes (lorsque l'iPhone est connecté bien sûr), et décocher "Synchroniser les applications" puis cliquer sur "Appliquer"
3) Une fois cette deuxième synchro terminée, toutes les applications doivent avoir disparues de l'iPhone
4) Enfin, recocher la case "Synchroniser les applications", puis cliquer sur "Appliquer", et attendre que la synchronisation se termine.
Voilà, une fois cela fait, les applications devraient refonctionner comme avant.
Si cela ne marche pas, essayer une restauration (en 3.01, pas la peine de downgrader).