Du temps où j'avais encore mon iMac (iMac G4 800 SD), j'avais exactement le même phénomène, qui m'agaçait un peu d'ailleurs.
J'avais l'impression que c'était comme s'il voulait se mettre en veille profonde (arrêt du ventilo et tout) mais que, au dernier moment, il refusait de le faire et le manifestait par ce bip....
Je m'étais renseigné un tout petit peu, j'avais essayé de débrancher les périphériques USB et FW. Mais sans succès...
J'avais remarqué que le phénomène avait disparu juste après une mise à jour d'OS X (laquelle? je ne me souviens plus) mais l'amélioration avait été de courte durée....