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Tu veux dire que tu n'as pas fusionné le calques des PNG dans Photoshop ou que tu souhaites mettre certains PNG devant d'autres dans une page Web ? Pour la 1ère question, tu dois fusionner les calques pour obtenir un PNG universel. N'aplatis pas si tu veux garder la transparence (seul IE6 ne gère pas, mais IE7 et les autres le gère). Pour la 2ème question, il faut passer par z-index.
S'il s'agit d'une mise en page CSS, cela peut venir du fait que WebKit (interpréteur de Safari) et Gecko (celui de Firefox) sont différents et interprètent parfois le code avec de légères différences.