L'idée est d'indiquer à ton Mac le bon disque de démarrage, à savoir le SSD externe. Puisque sur le SSD externe il y a aura l'OS + tes applications + tes données, tu auras tout sur le SSD externe pour travailler.
A partir de là, le disque interne ne te sert à plus rien : tu peux l'utiliser facilement soit pour Time Machine, soit pour l'utiliser comme clone.