C'est pas très clair tout ça, tu pourrais être plus explicite svp ? 
- Tu scan via quel logiciel ?
- Tu enregistres sous quel format ?
- L'image s'ouvre telle en couleur dans "aperçu d'image" ou "photoshop" ?
- Tu dis imprimer des documents couleur, mais ces derniers ne contiennent t'ils pas des images ?
On dirait que le problème ne concerne que l'importation dans apple works mais pourtant je te cite :
Finalement je dirais qu'à mon avis, le format de l'image (jpeg, tiff) n'est pas celui qui convient et que c'est pour ça qu'apple works l'importe en n&b...