Le dossier "System" de Mac OS X est effectivement réservé au système et à lui seul. Impossible d'y modifier quoi que ce soit (sauf pour les unixiens adeptes de la ligne de commande).
Quand une application s'installe, elle n'utilise que le dossier en ".app" qui la compose. Ce dossier n'est d'ailleurs vu par Mac OS X que comme un application et non un dossier. D'ailleurs tu devrais pouvoir le constater en installant quelques uns des sharware et freeware très sympas qu'on peut trouver sur le web. Tu ne feras que copier l'icône de l'application dans le dossier "Applications" à la racine du disque (pour les applications utilisables par tous les utilisateurs) ou le copier dans le dossier "Applications" du dossier utilisateurs te représentant (pour les applications qui devraient n'être utilisables que de toi, alors invisibles pour les autres utilisateurs de ta machine).
La désinstallation doit se faire aussi simplement qu'en glissant son icône vers la corbeille... la vider est une autre et certains connaissent des difficultés à cause des autorisations.
Bon courage.