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Tu évoques là un vieux gag, qui traîne depuis des années et sur lequel Apple et Microsoft se renvoient la balle. En gros, chaque saut de section est considéré par le système comme un nouveau document au moment de l'impression (et on rencontre le même problème avec Excel lorsqu'on imprime plusieurs feuilles d'un même classeur). Sur une imprimante papier, ça ne se remarque pas, évidemment. Mais lors de la création d'un PDF, ça pose problème.
Si tu n'as pas de changement d'orientation du papier dans ton document, il existe un contournement : le module d'impression de Mac OS X se base sur la date de dernière modification pour déterminer les sauts de section. Si, au moment d'imprimer, on apporte une modification (mineure) dans l'en-tête ou le pied de page (qu'on suppose commun à toutes les sections) la date de dernière modification sera identique dans toutes les sections et l'impression se fera en un seul document.
S'il y a changement d'orientation du papier, par contre, ça ne peut pas convenir (et il n'y a pas de solution dans Excel pour faire un PDF de plusieurs feuilles en même temps non plus). Il te reste donc juste à attendre patiemment que ce problème soit résolu (Apple promet toujours que ce sera pris en compte "dans une prochaine mise à jour" - peut-être le jour où Pages saura prendre en compte des sections avec orientation différente du papier). En attendant, il te faut continuer à assembler les différents PDF obtenus, par exemple avec Aperçu...