Si je regarde de plus prés, tes structures d'origine et de fin sont les mêmes:
5 sous dossiers niveau 1 : Seul, Fond, Fond avec nom, Encadre, Encadre avec nom
4 sous dossiers niveau 2 : Blanc, CMJN, Pantone, RVB
Donc d'origine tous le fichiers sont dans les dossiers de niveau 2 (Blanc, CMJN, Pantone, RVB)
Et tu veux au final déplacer tous ces fichiers dans leur dossier d'origine en ajoutant un niveau à l'aide de 3 nouveaux dossiers (eps, jpg, png) et répartir les fichiers dedans.
Si c'est bien çà, alors il faut refaire le script...