On peut parfaitement avoir les dossiers "iTunes" et "iPhoto Library" sur des disques externes. C'est ainsi que je travaille depuis plusieurs années sans avoir de problème.
Pour retrouver le bon emplacement de ces dossiers, il suffit de lancer les applications en maintenant la touche "alt" ou "opt" enfoncée
PS : par contre, on déplace les dossiers entiers. Et de plus, je conseille vivement de faire des copies et de ne supprimer les originaux qu'après s'être assuré que tout fonctionne correctement avec les nouvelles bibliothèques.