J'utilise bibtex avec latex. J'ai trouvé un freeware: Bibdesk qui permet de gerer ta base de références et d'inserer une référence dans ton texte source par glisser-déposer.
Ensuite les références biblio sont mises en forme à la fin de ton document suivant le style préciser.
par exemple, Elsevier fournit leur modéle Latex compatible avec tous leurs journaux et ils appliqueront le stlye correspondant au journal lors de la publication.