J'avais un problème similaire sur un iPhone 4. Mon haut parleur secondaire (celui en haut du téléphone, qui est utilisé pendant un appel) ne fonctionnait pas lors d'un appel mais semblait fonctionner avec skype et autre. Des tutoriels sur youtube montrait des solutions bizarres avec des morceaux de cartons à coincer vers le connecteur mais je te déconseille de les suivre (il faut ouvrir l'appareil et placer un bout de carton à l'intérieur... moyen niveau sécurité)
Mon problème semble être réglé sous iOS 7 (je ne l'ai pas assez utilisé depuis pour en être certain mais je n'ai plus rencontré le problème)
En attendant, utilise des écouteurs ou le mode haut parleur (test déjà si tu peux entendre ton interlocuteur comme ça)
Enfin, si c'est bien ce problème, il y a plus de chance que cela vienne de ton haut parleur plutôt que de ton micro (tu es entendu donc le micro marche)