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Je ne crois pas que ça existe.
Les logiciels gratuits comme Skim ou Acrobat Reader ne permettent que d'apposer des notes et des commentaires, sans pouvoir modifier le PDF en lui-même (le contenu des pages).
Sur Mac OS on a l'incontournable Acrobat Pro ou bien PDF Studio (qui est disponible en français contrairement à ce que laisse supposer la page d'accueil).