C'est normal, certains fichiers sont dans des dossiers système. Rien de bien compliqué, tu feras un clic droit sur chaque fichier récalcitrant et tu sélectionneras Afficher dans le Finder, une fenêtre s'ouvrira, le fichier sera sélectionné, tu pourras le supprimer, mais ton mot de passe Administrateur te sera demandé ce qui est normal. Une fois fait pour chaque fichier, tu n'auras plus de reliquats.
Tu as CleanMyMac, est-ce que tu as utilisé l'option Optimisation ? Si oui, à l'avenir ne t'en sers plus, c'est peut-être la seule option qui peut poser problème dans un système brinquebalant. Tu as donc fait une mise à jour par-dessus une ancienne version. Comme on ne sait pas comment tu as entretenu cette ancienne version, on ne peut pas en savoir plus sur sa stabilité.
Je suis curieux, fais une copie écran de CleanMyMac dans Extensions/Voir les extensions.
