Le processeur du mac mini est bien 64 bits, sauf que ton EFI (firmwire) est en 32 bits. Uniquement les dernières générations de Mac possèdent un EFI 64 Bits.
Il est probable qu'Apple sorte une mise à jour du firmwire qui permettra à tous les core2duo de passer leur EFI en 64bits.
Cela dit, un EFI 32 bits est capable de lancer un système 64 bits et inversement une application 64 bits peut démarrer avec un système 32 bits.