Convertir un mkv en mp4 ne veut rien dire.
Car on peut passer de mkv en mp4 avec un simple ré-encapsulage, tout dépendant des codecs utilisés dans le mkv.
Si c'est un import depuis YT avec un encodage vidéo en VP9, il y aura forcément transcodage en H.264 ou H.265 pour une lecture QuickTime.
En revanche, beaucoup de mkv sont en H.264/AAC qu'il suffit de ré-encapsuler en mp4, ce qui ne prend que quelques secondes…
Il faudrait donc que tu connaisses au départ la nature de tes mkv. Pour cela, MediaInfo est indispensable…
Et si un simple ré-encapsulage suffit, pour cela il y a Shutter Encoder avec sa fonction idoine…