On peut en effet, soupçonner un problème de fichiers de préférences corrompus, comme le suggère Pascalformac, mais on manque de détails sur le contexte pour en dire beaucoup plus.
Que faut-il précisément comprendre par "préférences répertoires [qui] ne sont pas respectées" ? Qu'est qu'une préférence pour l'ouverture de fichiers ? Comment la paramètres-tu ? Je ne connais pas MuseScore mais, en ce qui concerne Word ou Excel, lorsqu'on choisir le dossier pour les "Documents" (dans Word) ou "Emplacement favori" (dans Excel), en principe les nouveaux documents proposent bien cet emplacement lorsqu'on fait "Enregistrer sous…" (si c'est de ça que tu veux parler). N'est-ce pas ce que tu observes chez toi ? As-tu fait un test dans une session avec un nouveau compte utilisateur Mac OS X, créé pour l'occasion ou le compte "Invité", par exemple, pour voir comment les choses se passent dans une situation "propre" ?
Essaye de décrire avec un maximum de détails ce que tu fais, ce que tu observes, etc. qu'on puisse se faire une idée.