Apparemment, il s'agit de shell donc quelque chose comme bash, ksh, zsh ou csh ?
En l'espèce, il faut sans doute utiliser les commandes d'UNIX (sort, uniq etc.) ou, pourquoi pas, faire un script en awk.
Ou alors passer aux langages de scripting un peu plus joli (Perl, Ruby, Python etc.)
On a le choix. Mais il faut commencer par poser le problème de manière précise : qu'est-ce qu'une séquence, comment va-t-on alimenter le script, quelle est la taille de la séquence, y a-t-il des doublons ... ?