en général, un fichier préférence se crée non pas lors de l'installation, mais lors du premier lancement de l'application (et, ce qui n'est pas le cas chez toi, se recrée automatiquement lors du lancement de l'application s'il a été supprimé entre-temps)
tu as eu le bon réflexe en réinstallant le logiciel, mais je pense que même réinstallé, le logiciel détecte que ce n'est pas la première fois qu'il est lancé sur ta machine...
donc 1ère solution : tu effaces l'intégralité des fichiers correspondants à ce logiciel avant de le réinstaller
autre solution : tu crées un nouvel user, tu installes le logiciel à partir de ce user, (tu vérifies qu'il fonctionne), et tu transfère le fichier préférence manquant du dossier Bibliothèque du nouvel user vers celui de ton user habituel
au fait, de quel logiciel s'agit-il ?