Ton anim flash, normalement, est "encapsulée" dans une page html. Il suffit donc simplement de placer les balises habituelles dans cette page pour que le referencement se fasse sans problème. Cette galère de référencement ne peut intervenir que si tu places le swf directement, sans l'encadrer de html.
Cette légende vient aussi du fait que certains moteurs de recherche utilisaient également (d'une façon + ou - importante) les mots inclus dans ta page html. Cela est moins évident depuis les nombreuses tentatives de spam dont ils furent l'objet (texte blanc avec mots clés sur fond blanc par exemple).
Si tu veux être totalement rassuré (parce que totalement parano!!!), tu fais une page d'accueil html simple avec tes balises "keywords, description, etc..." qui balance sur ta page d'acceuil flash (automatiquement ou non).