Eh bien, tu as le choix entre FAT32 et NTFS.
Le FAT32 est moins bien, car les fichiers ont une taille maximales de 2 Gos (ou quatre, je ne sais plus trop).
Le NTFS n'a pas cette limitation, mais quand tu seras sous Mac, tu ne pourras que lire les fichiers situés sur ta partition Windows (alors que tu peux assi écrire en FAT32).
C'est un choix ! Mais techniquement, le NTFS est incontestablement meilleur.