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C'est possible mais c'est pas forcément évident, je vais essayer de t'expliquer la chose de manière simple:
1) Ds FileMaker tu exportes ta base de donnée au format texte, séparé par de virgule
2) après il te faut modifier un peu modifier un peu ton installation mysql en fct de cette page: http://www.mysql.com/doc/en/LOAD_DATA_LOCAL.html c'est pour des questions de sécurités que l'importation des fichiers textes dans mysql n'est pas activée par défaut