la couche alpha est déjà présente normalement dans ton swf,
il faut juste ajouter une ligne de code lorsque tu importes ton swf dans ton html (avec dreamweaver) pour que cette couche de transparence soit prise en compte.
Voici en gros le code que tu peux copier coller pour importer correctement ton swf dans la balise <body> :
<div id="swf">
<script type="text/javascript">
AC_FL_RunContent( 'codebase','http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=9,0,28,0','width','1280','height','723','src','swf/titre_du_swf','quality','high','pluginspage','http://www.adobe.com/shockwave/download/download.cgi?P1_Prod_Version=ShockwaveFlash','movie','swf/titre_du_swf', 'wmode', 'transparent' ); //end AC code
</script><noscript><object classid="clsid

27CDB6E-AE6D-11cf-96B8-444553540000" codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=9,0,28,0" width="1280" height="723">
<param name="movie" value="swf/titre_du_swf.swf" />
<param name="quality" value="high" />
<param name="wmode" value="transparent" />
<embed src="swf/titre_du_swf.swf" quality="high" pluginspage="http://www.adobe.com/shockwave/download/download.cgi?P1_Prod_Version=ShockwaveFlash" type="application/x-shockwave-flash" width="1280" height="723"></embed>
</object></noscript>
</div>
Naturellement il faut que penses tu remplacer "titre_du_swf.swf" par le titre de ton swf (à quatre endroit si tu regardes bien).
Tu dois aussi mettre cette petite ligne dans la balise <head>:
<script src="Scripts/AC_RunActiveContent.js" type="text/javascript"></script>
Ca devrait fonctionner comme ça.