Question dénuée de sens si tu ne précise pas un peu le contexte : les différences majeures sont :
1) incompatibilité. Si Keynote peut ouvrir les fichiers PP, il ne peut pas en exploiter toutes les subtilités, et pareil quand tu sauve une présentation Keynote au format PP, elle perd toutes ses spécificités pour ne garder que ce que Keynote et PP ont en commun.
2 esthétique : Keynote sait faire des choses hors de portée de PP, mais on en revient au 1) si la présentation doit être diffusée, seuls les possesseurs de Keynote, et donc de Mac, pourront en profiter, de ce point de vue, PP est plus universel, vu qu'i me semble bien qu'il existe sur PC un "lecteur" gratuit.
Donc on en revient encore et toujours à "ce qu'il vaut mieux choisir dépend entièrement de ce que tu comptes en faire" !