Cela dépend du sens des flux.
Si c'est des flux montants (ton réseau vers internet) alors il vaut mieux configurer de la QoS sur ton routeur (si c'est possible, quel est ton modèle ?). Tu peux aussi le faire de façon logicielle mais perso je préfère le faire sur le routeur, car si des malins s'amusent à changer les réglages du logiciels ça fou tout en l'air. Et il faut configurer chaque logiciel. Or coté routeur tu peux analyser le protocole utilisé (Skype, MSN, eMule) et appliquer des limitations en fonction.
Si c'est des flux descendants (internet vers ton réseau) alors il vaut mieux le faire du coté logiciel. La QoS sur le routeur n'est pas possible cette fois car les flux descendant sont gérés par le modem qui balance tout au routeur (je peux expliquer un peu plus le problème si tu veux).
Il faut donc le faire coté logiciel, en lui disant de ne pas télécharger plus de 100 ko/s par exemple.
J'espère que j'ai été clair, n'hésite pas si tu as des questions.