Il n'y a pas de format iTunes.
iTunes prend le format que tu lui donnes, AAC ou MP3. Tu n'auras pas de différence à l'écoute. Le seul format qu’iTunes convertit automatiquement, c'est le WMA.
Si tu convertie tes M3 en AAC, la tu pourrais éventuellement générer une différence de qualité a la baisse, car le AAC et le MP3 n'utilisent pas les mêmes algorithmes de compression et certains détruisent un type de fréquence et l'autre un autre type. Du coup, en passant de l'un à l'autre, tu dégrades encore plus le son qu'il ne l'était.