J'avais le même problème, c'est à dire
impossible de sauvegarder mon iPad 2 sur iCloud (ni automatiquement ni manuellement).
Le problème venait du fait que j'avais déjà plusieurs Go de données et d'applications.
J'ai résolu ce problème en sauvegardant une 1ère fois via iTunes.
J'ai supprimé des apps de mon iPad, ensuite j'ai pu lancer la sauvegarde manuelle vers icloud et tout de suite accéder à la liste des applications gérées par iCloud, ou non (afin de les modifier et de ne pas choisir les 'sans importances' ou les plus lourdes en terme d'espace utilisé).
J'ai donc pu effectuer la 2ème sauvegarde sur iCloud avant de réinjecter les applications dans l'idevice, via iTunes.
Une fois sync, retourner dans les paramètres de l'iPad > iCloud et mettre à jour la liste des application à re-sync sur iCloud.