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Si le disque interne est en train de rendre l'âme, plus il est sollicité plus le problème empire...
En bootant sur le clone externe, essaie de formater complètement le disque interne (une seule partition, option table de partition GUID) et reclone.
Si tu as un autre disque externe (pas une clé usb....) retroclone ton clone sur clé usb vers ce disque dur externe.
Ensuite tu démarres sur le disque externe et tu le mets à jour en ElCapitan.
Ensuite, si ça a fonctionné, essaie de cloner ce disque externe désormais sous ElCapitan vers le disque interne.