Salut,
Je ne suis pas un spécialiste mais FAT est un format windows utile lorsque l'on veut partager des données entre windows et os x sans trop de peine (NTFS permet les accès mais pas l'écriture à moins de passer par samba).
Si ce disque ne sera utilisé qu'avec le mac mini, il n'y a vraiment, mais alors vraiment aucun intérêt à le formater en FAT. HFS+ journalisé est la meilleure solution (ne pas choisir l'option case sensitive qui risque d'être cause de soucis avec certaines applications).