Salut 
Yann
Évidemment, ce n'est pas normal ta situation.
Tu as un 
mini qui a 16 Go de RAM, un CPU quadri-core i7, et un 
Fusion Drive made in Apple : SSD 120 Go associé dans un 
CoreStorage à un HDD de 1 To (mais qui ne doit tourner qu'à 5200tr/mn lui). Normalement, il devrait supporter «
El Capitan» sans aucun emballement de la 
kernel_task.
Comme je te l'avais dit précédemment, lorsqu'il y a un emballement de la 
kernel_task, il est toujours très difficile de mettre le doigt sur le facteur déclencheur, parce que le 
kernel intervient en intercesseur 
hardware (Mac) <=> 
software (OS), ce qui fait que tout et n'importe quoi est susceptible de créer l'anomalie.
On ne peut que progresser à tâtons par éliminations - ce que tu es en train de faire.
Ce que je note d'après le rapport d'«
EtreCheck», c'est que la 
kernel_task ne prend pas une proportion de RAM anormale : 1,23 Go, c'est important mais pas outrancier. Non : c'est le pourcentage de 
CPU (processeur) pris par la 
kernel_task qui est prodigieux (de 500% à + de 1000%). Ça veut dire que le 
kernel n'en finit pas de refiler au 
processeur un certain travail à exécuter sans qu'un stop n'intervienne mais de telle sorte que ça s'incrémente au contraire.
Je note aussi que la 
vitesse exécutive sur ton 
mini est notée comme étant « la pire » possible (toutes les opérations doivent donc ramer incroyablement) - ce qui est complètement anormal avec un 
Fusion Drive où le SSD doit supporter les processus du Système et des applications. Mais je note aussi que ta RAM est totalement utilisée (16.00 Go RAM Utilisée) : il n'y a pas de 
swap, mais c'est 
rasibus.
Bref : le processeur est sur-utilisé par le 
kernel (on ne sait pourquoi), la RAM est saturée (on ne sait pourquoi), et la vitesse exécutive à zéro malgré le SSD du 
Fusion Drive. C'est comme si ta bécane était une voiture essayant de rouler avec le frein à main serré : le moteur monte dans les tours sans que ça avance et ça bouffe de l'essence.
Malgré cette situation déplorable, «
EtreCheck» ne signale rien en rouge : bref, rien ne saute aux yeux (aux miens, du moins...).
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Pour lancer quelques hypothèses :
- Tu as une tâche de sauvegarde TimeMachine en continu à destination d'un DDE => si tu l'arrêtes, et si tu détaches ce DDE (ainsi que tous les périphériques détachables) + re-démarres ton Mac => est-ce qu'il y a une amélioration ?
- Tu as 72% du CPU pris par un com.apple.WebKit.WebContent (j'ai l'impression que c'est une ressource de «Safari») => si tu fais le test - drastique ô combien ! - de déconnecter carrément ton mini de toute connexion à internet + re-démarrer ton Mac en te bornant à une utilisation en local (sans référence de surcroît à des périphériques de stockage) => est-ce qu'il y a une amélioration ?
- Tu as activé «FileVault», ce qui fait que le système de fichiers de ton OS fonctionne sur la couche haute d'un Volume Logique continuellement supporté en position déchiffrée par un logiciel de "traduction" qui déchiffre à la volée la couche logique basse d'un Volume Physique Chiffré => ça ne fait pas gagner de la vitesse, cette situation => fais l'expérience de désactiver «FileVault» (at: Menu /Préférences Système/Sécurité et confidentialité/FileVault) - attention : pendant le déchiffrement en toile de fond du Volume Physique, ne lance pas de processus lourds dans ta session d'utilisateur, pour ne pas ralentir l'opération qui a toutes les chances déjà de traîner en longueur ! À complétion du déchiffrement, il est absolument impératif que tu re-démarres ton Mac, pour rafraîchir la prise en charge de ton Fusion Drive par le kernel => est-ce qu'il y a une amélioration (déchiffrement à combiner avec les facteurs de "déconnexion" précédents) ?
=> en résumé : en lançant ton 
mini dans une utilisation disons la plus "autarcique" possible (en local : hors périphériques et hors internet) et la plus "standard" possible (non-chiffrement et applications basiques) --> est-ce que ton 
CPU est toujours aussi sollicité et est-ce que ça va toujours aussi lentement ? Ou est-ce que les symptômes de sur-procession et de lenteur ont disparu ?
=> tu vois le topo ? Essayer à tout prix de rallier un contexte d'utilisation libre des anomalies 
CPU / vitesse. Si jamais tu parvenais à gagner ce petit « paradis informatique », ré-intégrer terme à terme alors les éléments antérieurs : internet, périphériques, chiffrement, usage d'applications tierces, pour tenter de repérer à quelle occasion le 
CPU remonte dans les tours et/ou les opérations commencent à ralentir [évidemment, tu fais les tests ascétiques de déconnexion pendant des périodes de temps restreintes, pour vérifier - et tu reconnectes et ré-utilises  ensuite ce dont tu ne peux pas te passer en mode régulier].