Ce qui cause l'apparition de ces lignes blanches c'est l'aplatissement des transparences, donc il suffit de ne pas aplatir lors de la conversion en PDF pour ne pas les (a)voir.
La différence entre la création de PDF via Distiller (ou l'imprimante virtuelle AdobePDF, c'est pareil) et l'export en PDF via InDesign c'est le passage obligé par le langage PostScript lorsqu'on utilise la 1re méthode (voir :
http://abracadabrapdf.net/articles.php?lng=fr&pg=33).
Il existe différentes versions du format PDF : de 1.0 à 1.7 (voir :
http://abracadabrapdf.net/articles.php?lng=fr&pg=10 &
http://abracadabrapdf.net/articles.php?lng=fr&pg=3 et les autres pages liées.
Dans le format PDF les fonctions de transparences sont supportées depuis la version 1.4 (Acrobat 5), ce qui signifie que tout PDF en version antérieure (< 1.4) ne peut pas contenir de transparences.
Ton problème vient de que le langage PostScript ne supporte pas les fonctions de transparences, ce qui veut dire qu'un PDF généré via Distiller est forcément aplati (donc avec les lignes blanches).
PostScript qui ne supporte pas non plus les hyperliens ni aucune fonction interactive.
Et autant l'aplatissement des transparences se justifie pour une utilisation en prépresse, autant cela n'a aucun sens pour une utilisation sur le web (au contraire même puisque cela augmente le poids du fichier).
Le seul moyen d'exporter en PDF depuis InDesign sans aplatir les transparences, et donc sans (a)voir les lignes blanches, c'est d'utiliser la fonction d'exportation en sélectionnant une version 1.4 ou ultérieure. Ce qui permet aussi l'incorporation des calques, des éléments interactifs et multimédias (selon la version PDF choisie).
Donc pour résoudre ton problème il te suffit d'expliquer à ton supérieur que c'est un gros blaireau qui n'y connaît rien, et que la force de l'habitude s'explique surtout par la faiblesse de ne pas vouloir en changer.
Bon courage...
Ajout : à noter aussi que depuis la version 1.4 le format PDF supporte le "Balisage" (Tagged PDF, en V.O.), également appelé "Fonctions d'accessibilité". C'est-à-dire des métadonnées qui décrivent la structure du document et qui permettent notamment aux aveugles et aux mal-voyants de pouvoir utiliser des logiciels de lecture ou d'assistance visuelle pour accéder à ces documents, en plus des fonctions d'indexation/recherche.
Comme pour les transparences, ces fonctions ne sont pas supportées par le langage PostScript et sont donc ignorées par Distiller, depuis InDesign seule la fonction d'exportation permet de les conserver dans les PDF.
Et ça aussi, autant cela n'a aucun intérêt pour l'impression, autant pour un document qui doit être diffusé de façon électronique cela a une importance énorme.
Ajout 2 : Concernant les paramètres prédéfinis d'exportation en PDF depuis InDesign je te recommande plutôt d'utiliser ceux-ci : http://abracadabrapdf.net/articles.php?lng=fr&pg=335
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