La CS4 fonctionne parfaitement sur El Capitan, je l'ai vérifié par hasard hier chez un collègue. On n'a pas essayé Indesign car comme moi, il utilise XPress, ni les autres softs de la suite, mais Photoshop, Acrobat Pro et Illustrator ne donnent pas de souci.
Une piste : Vérifie la version de Java compatible avec la CS4, il peut y avoir dysfonctionnement comme pour la CS6 qui réclamait une version plus ancienne ... Par ailleurs, vérifie chez Adobe les dernières mises à jour pour CS4.
Pour info, fouiller un peu par ici :
https://support.apple.com/kb/DL1572?viewlocale=fr_FR&locale=en_US
Un site pour vérifier les compatibilités, je ne sais pas si c'est infaillible, mais bon :
https://roaringapps.com/#
Quand même, moi, je repartirais de zéro en reformatant le DD et en réinstallant le tout à la main. Assistant migration te fera récupérer tes données ...