J'ai été faire un tour à l'apple-store pour voir si le problème qui subsiste en est un ou pas.
Malheureusement, contrairement à windows, j'ai constaté qu'il faut bien cliquer deux fois sur une fenêtre, la première fois pour la rendre active et la deuxième fois pour rendre le clic actif sur la zone désirée.
J'ai constaté aussi (sur mon mac) dans google chrome que de cliquer sur un onglet fait bien passer la fenêtre sur l'onglet sélectionné mais sans rendre la dite fenêtre active pour autant.
Ceci dit, les différents déplacements avec la souris sur une fenêtre non active sont bien agréables.
Je pense qu'il serait bon de suggérer à Apple une amélioration dans ce sens pour dépasser définitivement microsoft en matière d'ergonomie.