Stages de recherche

  • Créateur du sujet Créateur du sujet iManu
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iManu

Membre actif
23 Février 2001
633
19
Toulouse
Juste une info...
Je travaille dans une unité INSERM (recherche médicale) en imagerie et biophysique. Mon boulôt se fait surtout sur Mac.
S'il y a des programmeurs mac (Fortran, C, C++) qui veulent faire des stages dans le cadre de leurs études (écoles d'ingénieur par exemple) c'est possible. Il y a même des postes d'accueil pour jeunes diplômés...


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Manu
 
euh, j esuppose que tu parles de stages de 6 mois ?
je suis en premier année d'ecole d'ingénieur, et j'ai un stage de 2 mois a faire, avec un epetite expérience du C, et une grosse expérience du mac....

;-)
 
Il y a plusieurs possibilites...
En fait, nous pouvons accueillir des etudiants en stage quelle que soit la duree, mais il est evident que pour que ca vaille le coup, c'est mieux si c'est assez long.
En general, les ingenieurs ont un stage 'ouvrier' en entreprise, de duree variable, et un stage recherche ou fin d'etudes au cours de leur cursus, ca depend des ecoles. Certaines ecoles voient pas d'un bon oeil que les etudiants se 'perdent' dans des labos publics.
Les POSTES d'accueil INSERM sont offerts aux jeunes diplomes de certaines ecoles (en general les 'grandes') pour un duree d'un an renouvelable eventuellement une fois. Faut ecrire (avec le labo d'accueil) un projet de recherche, et si c'est accepte l'ingenieur est paye comme un chercheur (pas lourd, j'en suis un, je sais de quoi je cause...).

Ce que j'aimerais faire, c'est porter sur mac un programme de simulation Monte Carlo (transport des particules pour l'imagerie nucleaire) ecrit en C, puis le paralleliser sur un cluster Mac (http://exodus.physics.ucla.edu/appleseed/appleseed.html).
En fait, pas mal de programmation en C et une bonne connaissance du Mac...

Ca t'interresse ?
C'est quoi ton ecole ?

A +


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Manu
 
La simulation Monte Carlo permet de résoudre des problèmes de physique qui ne peuvent pas l'être de manière analytique.
Exemple: si tu veux savoir comment un faisceau fin, etc est absorbé dans un milieu homogène (ex de l'eau) c'est simple:
I=Io exp(-µx), ou Io est le nombre de photons avant, I le nombre de photons après, x l'épaisseur traversée et µ une constante du milieu (plus µ augmente, plus le faisceau est absorbé).
Problème: si tu veux connaître l'absorption dans un patient, composé de muscles, d'os, de poumon, tous d'absorption variable, ca ne se modélise pas simplement. La simulation consiste à générer des photons, leur faire traverser le milieu et 'voir' ce qui se passe. Bien sur, tout ça est régi par les proba d'interaction, qui sont connues. Donc si tu génères 'assez' de photons, ça converge vers la solution, le comportement de ton faisceau. Tout le problème est de générer 'assez' de photons, ce qui sous entend des calculs très longs.
D'ou:
Programmation balèze:
coder le milieu de propagation
coder les interactions
coder l'info recueillie en sortie.
En fait, il existe des programmes écrits par des groupes (style univ américaines) qui sont des standards: tu as le moteur principal, a toi de coder la géométrie et ce que tu veux en sortie.
Par exemple, on a SimSet (univ de washington) qui tourne sur Sun, Windows, 'unix', mais pas sur Mac.
Ici, 2 remarques:
1) Si on veut accélérer le temps de calcul, le cluster semble une bonne option, et l'AppleSeed est plug and play (enfin presque) d'ou le portage sur mac. En plus, les macs sont pas mal pour le calcul brut.
2) AppleSeed fonctionne actuellement sous Os 9, mais ça va changer dès que Absoft livrera son environnement Fortran et C sous Os X. Pour parallèliser (par exemple avec MPI) faut des librairies, qui sont actuellement écrites pour Os 9. Ca devrait évoluer vite.

C'est pas tout très clair dans ma tête, mais ça devrait marcher... Enfin, on va essayer...

A +


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Manu
 
Un petit complément...
Dans un premier temps, c'est la simulation 'brutale' qui m'interresse.
Reste que le mec qui développera une interface sympa, permettant par exemple de visualiser le milieu de propagation, avec entrée sortie des fichiers d'images de patient, les options de simulation etc... permettra à la communauté utilisateur de mieux travailler. Mais comme la communauté utilisateur c'est pas grand monde, c'est pas pour demain...
Actuellement, t'as un fichier texte en entree, un ou ++ fichiers texte en sortie, et débrouilles toi avec...


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Manu
 
Ca m'interesse pas mal de coder une interface pour un prg dans le genre, surtout si à la base ca tourne en mode texte, sous unix. Le pb, c'est que je peux pas faire de stage (seconde)
frown.gif

Si en revanche on a des sources libres, je pense que je pourrai peut-etre 'aider'...
pas besoin d'attendre Absoft pour les versions C, il y a cc sous osx: la technique serait de faire un outil pour osx avec le moteur, et tu t'interfaces dessus au moyen de cocoa...
T'aurais pas une adresse avec les sources?
 
vas voir sur : http://depts.washington.edu/~simset/html/simset_home.html
Sauf que si je me trompe pas, leur site ftp est vide en ce moment, le temps qu'ils fassent une nouvelle version. Si tu veux le code, contactes moi directement par mail.

Un autre programme très sympa est MCNP, écrit en Fortran (50000 lignes de code...) qui peut pas tourner sur mac pour cause d'appel aux librairies x-window. http://www-xdiv.lanl.gov/XCI/PROJECTS/MCNP/
c'est le prochain que j'ai envie de faire tourner sur mac, des que j'aurai Os X...
Sur celui la t'as des generateurs d'interface rigolos: http://www.pnl.gov/eshs/software/ved.html http://www.rt66.com/~kvr/bodybuilder/bodybuilder.html
C'est pour quand je serai meilleur en programmation...

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Manu
 
<BLOCKQUOTE><font size="1" face="Verdana, Geneva">quote:</font><HR>Dans un premier temps, c'est la simulation 'brutale' qui m'interresse.<HR></BLOCKQUOTE>
J'ai trouvé les sources, et le prg, je vais jetter un coup d'oeil sur la chose.... mais je pense que la "simulation brutale" n'est pas si compliquée a faire marcher, si ca marche deja sur un unix et sans X-Window...
 
euh, je suis a Télécom Paris (ENST), en première année...
mais vraiment, je ne pense pas avoir assez de connaissances de base pour ce dont tu parles, et en première année, on fait un stage de 2 mois (peut etre c'est un peu court)...
dommage, j'aurais bien aimé développer sur Mac, pour voir ce que ca donne et avoir une expérience dans le domaine. mais je pense que je serais plus un "boulet" qu'autre chose, étant donné mes faibles connaissances de départ...
 
<BLOCKQUOTE><font size="1" face="Verdana, Geneva">quote:</font><HR>
j'aurais bien aimé développer sur Mac, pour voir ce que ca donne et avoir une expérience dans le domaine.
<HR></BLOCKQUOTE>
Achete Mac OS X samedi, y'a les outils de developement...
....

Je voulais ajouter que j'ai tenter de compiler les sources, mais j'ai eu plusieurs petits pb... faut continuer...
Je telechargerai bien gcc derniere version, parceque cc d'osx ne fonctionne pas tout à fait pareil, ce qui explique, les erreur des shell d'install...
 
ben je vais effectivement acheter macOS X samedi...
et pour recuperer gcc, c'est pas trop dur ? ca s'installe bien quand on l'a téléchargé ?
désolé pour les questions, je suis un peu novice dans la gestion de toutes ces nouveautés...

merci !
 
C'est c°n, moi je peux pas le faire ce stage...
mais juste pour ma culture générale...
<BLOCKQUOTE><font size="1" face="Verdana, Geneva">quote:</font><HR>En fait, pas mal de programmation en C et une bonne connaissance du Mac...<HR></BLOCKQUOTE>
Ca veut dire quoi? C'est connaisance du mac (OS9?) au niveau de la toolbox?
Ou plutot de Mac OS X et Cocoa?
Euh une atre question...
il tourne sur quoi le prg de simulation?
 
<BLOCKQUOTE><font size="1" face="Verdana, Geneva">quote:</font><HR>
désolé pour les questions, je suis un peu novice dans la gestion de toutes ces nouveautés...
<HR></BLOCKQUOTE>
c'est fait pour ca les forums
wink.gif

<BLOCKQUOTE><font size="1" face="Verdana, Geneva">quote:</font><HR>
et pour recuperer gcc, c'est pas trop dur ? ca s'installe bien quand on l'a téléchargé
<HR></BLOCKQUOTE>
ne t'occupe pas de gcc, c'etait dans un premier temps une suggestion pour que iManu compile le soft sous osx

Euh désolé iManu mais j'avais pas vu ton message precedent, c'est ch°ant ce decalage sur la nouvelle version des forums...
 
<BLOCKQUOTE><font size="1" face="Verdana, Geneva">quote:</font><HR>Posté à l'origine par steg:
c'est ch°ant ce decalage sur la nouvelle version des forums...<HR></BLOCKQUOTE>

Quel décalage ? Chez moi les messages apparaissent immédiatement. Le problème des messages retardés arrivait parfois au début que je fréquentais ces forums mais je n'y ai plus jamais été confronté.


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JackSim