Les fichiers de préférences sont ceux qui permettent de conserver les réglages et personnalisations faits par l'utilisateur. Leur suppression n'a pas d'autres conséquences que de remettre tout à zéro, dans la situation d'un premier lancement (du moins en ce qui concerne les réglages et paramétrages). Leur suppression est sans danger aucun. Comme il s'agit de fichiers qui sont très fréquemment modifiés et donc ré-enregistrés, ils sont sujet à corruption et c'est parfois nécessaire de les supprimer. C'est même une des premières choses à tenter lorsqu'on rencontre des soucis avec une application. Il peut être plus prudent dans un premier temps de les renommer ou déplacer. Cela aura le même effet mais c'est plus facilement réversible si nécessaire.
Dans ton cas, ce n'est pas une à corruption (quoique) mais plutôt à une difficulté à trouver la cause du problème. La suppression de la préférence concernée a donc permis de réinitialiser totalement les barres d'outils, c'était probablement plus rapide que d'arriver à identifier le réglage concerné. Pour ma part, je ne suis pas arrivé à reproduire totalement la situation à laquelle tu étais confronté. J'arrive évidemment bien à supprimer les menus, mais n'ai aucune difficulté à les rétablir ensuite. Je serais donc curieux de savoir comment tu as procédé