Sachant que Catalina ne permet plus l'utilisation des applications 32 bits, la première question qu'il convient de se poser
avant de migrer, c'est celle de la compatibilité des applications qu'on utilise.
Est-ce que Ciel Auto-entrepreneur est une application en 64 bits ?
Est-ce qu'elle est donnée comme compatible avec Catalina par son éditeur ?
Les autres application qui posent problème sont-elles en 64 bits ?
Sont-elles données comme compatibles par leur éditeurs ?
Si la réponse est non, il te faut soit évoluer vers une version plus récente et compatible de l'application (quand il en existe une), soit rester sagement dans la version précédente de macOS en attendant que les choses se précisent.
Si tu as foncé tête baissée, c'est à dire sans prendre la précaution de faire des tests et que c'est donc ton installation principale que tu as migré, il va te falloir revenir à la version précédente, ce qui peut être complexe. Avec une sauvegarde Time Machine, ça doit pouvoir se faire assez rapidement tout de même. Sans sauvegarde du tout, ça risque de prendre pas mal de temps (et de stress)... Voir par exemple les messages qui en traitent dans
la section macOS du forum.