Pour moi, le plus simple et sûr est d'avoir une partition formatée comme Mac OS X aime : HFS+ journalisé.
Une fois que tu as ça, tu peux cloner (bien pratique) ou simplement copier tes données, en toute tranquillité et sans avoir à se casser la tête. Si tu peux te payer un disque dur externe 2.5", autant faire ça.