J'ai déjà eu des différences de ce genre sur PC, entre Acrobat Reader et plusieurs applications. Alors pour moi ce n'est pas une surprise.
Ceci dit, les différences ne sont pas énormes. On n'en est pas au point où l'on n'arrive même plus à reconnaître son document (comme ça se passe souvent avec un fichier au format Word).
Sinon, pour l'explication, comme je suis persuadé que ce ne sont pas les même fontes qui font utilisées, j'irais donc voir dans le dossier /Bibliothèque/Application Support/Adobe/Fonts/ pour voir ce qui s'y trouve, ainsi que dans le dossier /Bibliothèque/Fonts/. Le premier dossier contient les fontes spécifiques à Adobe, et le second celles utilisées par défaut par les applications Mac. Il se peut que le même nom de fonte apparaisse dans les deux dossiers. Je pense également qu'une même fonte peut se trouver en même temps sous plusieurs formats, dans le même dossier.