Non, ça ne vas écraser la précédente version, intégrée à OsX (qu'il ne faut surtout pas écraser ou modifier, d'ailleurs).
Cela va t'installer Apache2 dans un autre répertoire.
C'est dans ce répertoire qu'il te faudra placer tes sites (à moins qu'en bidouillant ?).
Par ailleurs, au démarrage, tu ne devra pas lancer l'Apache d'OsX (partage web), mais Apache2, par exemple grace au petit module de préférence qui t'est fourni avec la package d'Apache2 cité plus haut.
Ceci étant, as-tu une raison précise pour installer et utiliser Apache2 ?