Tout simplement parce que que la dernière version d'iTunes ne prend plus en charge les apps. Donc la sauvegarde n'est que partielle.
La sauvegarde a toujours été partielle.
Simplement, auparavant, la réinstallation des apps se faisait à partir des fichiers ipa des apps présents sur le disque dur du Mac.
Désormais, les apps sont téléchargées depuis l'appStore (quand elles existent encore)